La biblioteca di Santa Maria di Betlem è antichissima e risale probabilmente al XIII secolo con l’insediamento dei francescani in città.

  Nel corso dei secoli la biblioteca ha avuto un ruolo centrale nella vita sociale e culturale della città. Il convento dei frati minori di Sassari ha sempre avuto una raccolta libraria numericamente e qualitativamente consistente, in quanto la scelta dei frati conventuali sin dal periodo di San Francesco fu quella di utilizzare lo studio come strumento fondamentale per annunciare il Vangelo.

  E’ noto il contributo dei francescani alla cultura sarda in tutti i suoi aspetti e, in particolare, alla diffusione dell’istruzione nell'isola.  A Sassari sin dalla seconda metà del XVI secolo l’istruzione pubblica reclutava insegnanti tra i religiosi di quest’ Ordine e l’Aula Capitolare del convento era utilizzata anche come aula per lezioni e studi universitari frequentata non solo dai religiosi ma anche dai laici come testimonia anche padre Antonio Sisco nelle sue "Memorie". 

  In base alla legge del 29 maggio 1855, che prevedeva la soppressione degli Ordini religiosi e l’incameramento nel Demanio dei loro beni, il fondo più antico e di pregio dell’intera biblioteca è stato incamerato dalla Biblioteca Universitaria di Sassari.

  Da un Inventario del 1868 compilato dal bibliotecario G.M. Marongiu, in occasione della consegna del materiale posseduto dal Convento alla biblioteca dell’Università di Sassari, risulta un quadro del ruolo culturale di Santa Maria di Betlem e del patrimonio librario del convento di circa 1150 opere a stampa e 62 manoscritti. Il più antico cimelio librario oggi noto è costituito da una bibbia del XIV secolo, conservata ora presso la Biblioteca Universitaria di Sassari.

Un altro documento testimonia la rilevanza della biblioteca nel tempo e nel panorama educativo e culturale cittadino, una sorta di regolamento manoscritto con disposizioni e regole riguardo al prestito e alla consultazione. 

La biblioteca, trascurata ed abbandonata per molti decenni, è stata ripristinata e riordinata su iniziativa di Padre Marco Ardu, che vi ricoprì l’incarico di bibliotecario per circa 15 anni. Fino al 2010 era situata in un’area al primo piano sopra l’attuale sacrestia, dove dal sec. XV al XVIII era ubicato il coro notturno, e consisteva di sei ambienti non comunicanti tra loro e con una sala principale dedicata a Padre Antonio Sisco (1716-1801), anch’egli bibliotecario di Santa Maria e storico insigne della città di Sassari. Su iniziativa di Padre Marco Ardu, sono stati realizzati in questa sala 16 dipinti di artisti sardi contemporanei ispirati ai versi del Cantico delle creature. Oggi questo ambiente non è più una sala di consultazione della biblioteca, ma è previsto un suo utilizzo come sala di conferenze.